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如何估算遗传距离?

发表于:2019-08-13 08:19 作者:admin 来源:admin

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遗传距离是指由DNA序列估计的遗传差异的大小,或个体,群体或物种之间的等位基因频率。
测量遗传距离的指标包括用于数量性状分析的欧几里德距离(D),用于定性和数量性状的高斯距离(DG)和罗杰距离(RD),以及改进的二进制数据包括Roger距离(GDMR),NeiLi距离(GDNL),Jaccard距离(GDJ),简单匹配距离(GDSM)等:D =[(x1-y1)2+(x2-y2)2 +。..(xp-yp)2]1/2,其中x1,x2,...,xp和y1,y2,...和p分别是两个个体(或基因型,种群))i和j的形态特征p的值。
两个近交系之间的遗传距离是Dsmith =([(xi(p)-yj(p))2 / varx(p)]1/2,其中xi(p)和yj(p)是自学习特征值,i和j的p和varx(p)是所有近交系中第p个数量性状的方差。
DG = 1 /pΣwkdijk,其中p是属性数,dijk是特征kth对两个个体i和j之间总距离的贡献,dijk = | dik-xjk |,dik和djk是i,特征k的J值,wk = 1 / Rk,Rk是特征k的范围。
当使用分子标记进行遗传多样性分析时,可以使用以下公式:d(i,j)=常数(Σ| Xai-Xaj | r)1 / r。Xai是等位基因a的频率。每个i和n是每个位点的等位基因数,r是常数。
如果r = 2,则公式为罗杰距离,即RD = 1/2[Σ(Xai-Xaj)2]1/2。
当分子标记数据由二进制数据表示时,它可以由以下距离表示。GDNL = 1-[2N11 /(2N11 + N10 + N01)]GDJ = 1-[N11 /(N11 + N10 + N01)]GDSM = 1 -[(N11 + N00)/(N11 + N10 + N01 + N00)]GDMR =[(N10 + N01)/ 2N]0。
5其中N11是两个个体中存在的等位基因数,N00是两个个体中不存在的等位基因数,N10是仅存在于个体i中的等位基因数,N01仅存在于个体j中如果存在等位基因,则N是等位基因的总数。
在分析中,条带可以被视为等位基因。
在实际操作过程中,选择合适的遗传距离指数非常重要。
通常,GDNL和GDJ在显性和共显性标记方面不同。利用这两个指标分析近交系,分类结果相同,但分析了杂种杂合基因座和分析杂合性。
基于上述发现,我们建议在分析显性标志物如AFLP和RAPD时,在分析共显性标志物如RFLP和SSR以及GDSM或GDJ时使用GDNL。
GDSM和GDMR可用于嵌套聚类分析和分子方差分析(AMOVA),而后者因其重要的遗传和统计学意义而受到青睐。
测量群体的遗传分化有三种主要的统计方法。一种是适用于低等位基因多样性的卡方检验,第二种是F统计(Wright,1951),第三种是GST统计(Nei,1973)。
如果您有大量与研究相关的材料,则可以使用多种多变量分析技术,例如聚类分析和主成分分析。


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